La marine n'avait jamais eu à faire face à une flottille de cette envergure : 42 embarcations pénétrant simultanément dans les eaux territoriales israéliennes. La stratégie adoptée consistait à prendre d'abord le contrôle des six navires principaux, puis de "poursuivre" les plus petits. Chaque embarcation a nécessité un "boarding" – l'hélitreuillage de forces spéciales.

Les forces qui inspectent actuellement les dizaines de navires ont fait une découverte révélatrice : la quantité d'aide humanitaire à bord, censée être acheminée vers Gaza, s'avère "dérisoire". "Des quantités insignifiantes d'aide humanitaire pour les habitants de la bande, malgré l'ampleur considérable de l'opération – 42 navires", a constaté un responsable sécuritaire, concluant : "Cela prouve que tout cet événement est une pure provocation, et c'est ainsi qu'il faut le considérer."

Les fouilles effectuées jusqu'à présent n'ont révélé aucune arme à bord des navires de la flottille, pas même d'armes blanches comme des couteaux ou des bâtons.

Un seul incident s'est produit durant l'intervention : après que la Shayetet 13 (unité d'élite de la marine) a pris le contrôle d'un des navires ce matin et que celui-ci faisait route vers le port d'Ashdod avec à son bord des soldats et des activistes, l'embarcation a commencé à couler et à pencher sur le côté en raison d'une défaillance technique majeure. Des secours ont immédiatement été dépêchés. Ils ont évacué les passagers en toute sécurité. Le yacht a ensuite sombré.

Le chef de la marine, le général David Saar Salama, a dirigé l'opération depuis un navire militaire, aux côtés d'autres commandants. L'ensemble du commandement de la marine est resté en mer toute la nuit.

Parallèlement au commandement de l'opération maritime, un centre de communication spécial a été établi au porte-parolat de Tsahal. Contrairement aux incidents précédents, des équipements de tournage et de documentation ont été déployés en mer de manière extensive pour filmer l'événement sous différents angles. Certains combattants étaient équipés de caméras corporelles qui retransmettaient l'intégralité de l'opération au centre de communication, permettant une diffusion en temps réel via le ministère des Affaires étrangères.

Lors des briefings préalables à l'action, l'accent a été mis sur la prévention d'incidents de "délégitimation", sachant que les activistes eux-mêmes filmeraient l'ensemble de l'événement en direct.