L'opération avait été lancée sur la base de renseignements du Shabak et du renseignement militaire sur la présence de cadres du Hamas dans l'hôpital Shifa.
Mabhouh était, entre autres, responsable de la synchronisation des services du Hamas au quotidien et en temps de guerre. Il a été éliminé par les combattants israéliens lors d'échanges de feu et alors qu'il était armé et se cachait dans l'enceinte de l'hôpital Shifa d'où il organisait des activités terroristes.
Dans la pièce à côté du lieu où Mabhouh a été tué, les soldats de Tsahal ont découvert une grande quantité d'armes.