L'organisation reproche notamment à Israël l'expulsion de familles arabes dans le quartier Shimon Hatzadik (malgré le fait qu'il s'est agi d'une décision de la Cour suprême qui confirmait la propriété juive). Parmi les nombreuses contradictions du rapport, il affirme le droit du peuple juif à l'autodétermination mais accuse Israël d'empêcher le retour de millions de "réfugiés" ! Amnesty appelle la Cour pénale internationale de la Haye à envisager d'ouvrir une enquête pénale contre Israël pour "crime d'apartheid" et demande que tous les Etats membres à soutenir la cour "afin de traîner en justice les auteurs de ces crimes".
Le ministère des Affaires étrangères a sévèrement attaqué ce rapport biaisé et malveillant : "Avec ce rapport mensonger, Amnesty emploie un double standard et de la diabolisation afin de délégitimer l'Etat d'Israël. Ce sont précisément les ingrédients de l'antisémitisme moderne. Quelques jours à peine après la Journée internationale du Souvenir de la Shoah nous voyons une nouvelle fois que l'antisémitisme ne fait pas partie du passé mais il fait malheureusement partie de la réalité actuelle. Rien que la semaine dernière, deux Juifs ont été attaqués à Londres parce que Juifs. Le rapport d'Amnesty accorde en fait le feu vert pour ces genre d'agresseurs, non seulement contre Israël mais aussi contre des Juifs partout dans le monde".
Le ministre des Affaires étrangères Yaïr Lapid a écrit : "Israël n'est pas parfait mais c'est une démocratie engagée envers le droit international, ouvert à la critique, avec une presse libre et une Cour suprême solide. Amnesty ne qualifie pas la Syrie 'd'apartheid', où le pouvoir a assassiné un demi-million de citoyens, ni l'Iran ni les régimes les plus sombres et meurtriers en Afrique ou en Amérique latine. Je déteste employer cet argument, mais si Israël n'était pas un Etat juif personne à Amnesty aurait osé avance de tels arguments contre lui, mais en l'occurrence, je n'ai pas le choix"
Noam Katz, sous-directeur du département de diplomatique publique au ministère des Affaires étrangères a déclaré : "Il s'agit d'un rapport mensonger et antisémite qui affirme que l'Etat d'Israël aurait été fondé sur des motifs raciaux. Il y a au sein d'Amnesty un groupe d'activistes qui sont opposés au droit de l'Etat d'Israël à exister et qui font tout pour faire disparaître l'Etat du peuple juif".
Le Department of State américain a également dénoncé ce rapport.

A l'inverse, il y a en Israël des personnalités qui soutiennent ce rapport. C'est le cas des députés de la Liste arabe y compris son membre "juif" Ofer Kassif : "Ce n'est pas d'aujourd'hui qu'Israël se comporte en Etat-apartheid contre le peuple palestinien. De ce point de vue, ce nouveau rapport d'Amnesty ne renouvelle rien et n'est pas surprenant. Nous continuerons à nous battre, Juifs et Arabes ensemble, pour mettre fin à ce régime, contre l'occupation et en faveur d'un Etat palestinien indépendant aux côtés d'Israël, pour une démocratie et une justice authentiques"...
Au nom de l'Autorité Palestinienne, Bassam al-Salah, membre du comité exécutif de l'OLP a écrit : "Ce rapport soutient ce que nous affirmons depuis de longues années à propos des Palestiniens sous occupation israélienne. Il décrit la stricte réalité sur le terrain".
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